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今(101)年起軍教恢復課稅，明(102)年5月就要申報個人綜所稅。其中，一般替代役男的收入較低，不會達到起徵點，沒有報稅的問題，不過國防替代役男因為有研發加給，所以收入就可能到達起徵點而必須申報，因此財政部賦稅署核釋替代役男的課稅規定。
財政部表示，為配合軍教薪資所得自101年度起恢復課稅，賦稅署明確規範替代役男支領各項給與的徵免所得稅規定，以消弭可能發生的課稅爭議。
替代役役男的薪額、專業加給、地域加給、扣除管理加給部分的年終工作獎金，以及國防替代役役男的交通津貼等項目，應按照所得稅法第14條第1項第3類薪資所得規定課稅。
財政部賦稅署說明，替代役役男的主、副食費、國防替代役男的住宿津貼，及一般替代役男的管理加給，則是可以按照所得稅法第4條第1項第5款及相關函釋規定，免納稅得稅。
賦稅署指出，100年12月31日以前，一般替代役役男及國防替代役役男的薪餉，都是比照當時軍人免課所得稅的規定；但自101年起，軍人恢復課稅，替代役男也將比照辦理，自101年度起支領薪餉，應按照所得稅法第14條第1項第3類薪資所得規定，課徵所得稅。
此外，對於繳回過去年度溢領所得的課稅，賦稅署也有明文規定，100年12月31日以前溢領的所得，101年以後繳回者，屬於實際領取年度免稅所得的減少，不宜自繳回年度所得額中減除。
如果是101年1月1日以後溢領的所得，後續年度繳回者，屬於實際領取年度應稅所得的減少，不宜自繳回年度所得額中減除，而應更正其實際領取年度所得額。
