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為了避免影響總統大選而延後發出的補稅單，選後立刻萬箭齊發，並在4月上旬截止補繳稅款，今年總計發出了95年度綜所稅應補稅案件約50萬件，大約是個人綜合所得稅申報件數的1成。補稅原因，首推短漏報所得，又尤以短漏報扶養親屬所得最多。
國稅局表示，納稅義務人收到補稅單，總有難以置信的感覺，急著打電話向國稅局查詢，塞爆查詢電話。國稅局解釋，不少納稅人短漏報扶養親屬所得，就是對國稅局提供的年度所得資料查調下載服務，過度依賴，其實納稅義務人能從國稅局查調到的所得資料，僅限本人及配偶，以及未成年子女，其他的受養親屬資料都是查不到的，所以建議納稅人要向扶養親屬索取所得資料一併申報。
除了短漏報扶養親屬所得之外，還有不屬於扣繳範圍的所得，國稅局在綜所稅申報截止後，才有可能獲得的資料，當然不可能在納稅義務人申報前就能提供。這些所得項目包括：執行業務所得、一時貿易所得、多層次傳銷所得、財產交易所得、抵押利息所得、出租房屋予個人而收取的租金所得，這些都需要納稅義務人誠實申報，才能避免被核定補稅的麻煩。
其餘補稅原因，國稅局發現重複申報扶養親屬的情形也很常見，例如父母親同時由多名子女列報扶養，這時就會被剔除重複申報的免稅額及各項扣除額，建議子女們要先溝通好，由一個人申報扶養就好。
所得類別申報錯誤，例如非稿費收入的執行業務所得，誤申報為稿費收入，以為是適用18萬以下免稅的優惠。
申報扶養沒有住在一起、共同生活的其他親屬或家屬，或是扶養其他親屬未檢附證件或檢附證件不合規定，或申報所得年度前就已死亡親屬的免稅額，這也不能亂申報，稽徵機關會要求補稅。
還有幾項扣除額算法，被納稅義務人也經常搞錯，像是納稅人申報扣除自用住宅購屋借款利息，但未先行減除儲蓄投資特別扣除，以致重新計算後，可以列舉扣除的自用住宅購屋借款利息金額減少；或同時列報扣除自用住宅購屋借款利息及房屋租金支出兩項，但這兩項只能擇一扣除，因此兩項都列舉者，會被國稅局剔除其中一項，而遭補稅。
另外，教育學費特別扣除僅限納稅義務人的子女，如果列報了納稅人本人、配偶、兄弟姐妹，或其他親屬的教育學費特別扣除額，也會被剔除而遭到補稅。國稅局建議，遞出申報書前最好審慎核對，或採網路申報利用電子申報軟體幫忙計算，才能避免補稅的麻煩及收到補稅單後的壞心情。
