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立法院在五一勞動節這一天，三讀通過所得稅法部分條文修正案，從99年度起，個人綜所稅的「21％、13％、6％」3個級距稅率，各調降1個百分點，修正為「20％、12％、5％」，後年(民國100年)申報明年(99年)綜所稅時就適用；同時，營利事業所得稅大幅調降5個百點，從25％大降至20％，同樣也是99年度起適用。適用時間，都是為了配合促進產業升級條例民國98年落日的關係。
個人綜合所得稅率除了前三個課稅級距，分別減少1個百分點的稅率之外，同時，適用5％的課稅級距41萬元提高至50萬元，以減輕中低所得及薪資所得者的租稅負擔，增進社會公平。財政部評估，大約會380萬戶的綜所稅納稅義務人受益，占全國綜所稅申報戶數的73％。
在綜所稅的部分，也調降綜所稅的課稅級距金額，按消費者物價指數CPI上漲程度調整門檻，由現行的10％，調降為3％，以及時反映物價上漲的程度，降低綜所稅的負擔。
至於大幅調降的營利事業所得稅，一口氣調降5個百分點的稅率之外，並將起徵額由5萬元大幅提高至12萬元，對營利事業的租稅負擔，大大減輕。財政部認為，有助於改善我國投資環境，提高國際競爭力。
財政部指出，透過營所稅的調降，將促產落日的租稅減免利益，由70萬家營利事業共同分享，有助於產業間稅負分配的公平化，平衡中小企業及傳統產業的發展。
此外，修正條文也簡化暫繳申報制度，以減少徵納雙方爭議，每年約有32萬家的營利事業，可適用免辦理暫繳申報的規定，約占每年暫繳申報總家數35萬家的93％。簡化獨資合夥組織的營利事業，所得稅申報及其盈餘歸課稽徵程序的部分，有26萬家獨資、合夥組織的營利事業，免先繳納營利事業所得稅，約占全國營利事業申報總件數比率的35％，直接將營利所得歸課資本主或合夥人的綜所稅。
