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莫拉克風災不僅重創南台灣，也重擊民眾對政府的信任。遠見民調中心在風災後，8月16日至18日調查對政府的評價，有78.2％的民眾，給執政團隊對這次風災危機處理及應變能力，打了不及格的分數，僅有11.5％認為及格。而對總統馬英九的信任度大幅下降，不信任度首度逆轉超過信任度，遠見民調中心認為，要修補信任度，是件很困難的事。
8月份馬英九的民調，執政滿意度22.9％，不滿意度64.8％；信任度36.9％，不信任的比例達47.2％。滿意度較7月大幅下幅12.6個百分點，不滿意度增加12.5個百分點，馬英九的滿意度，已經重挫至去(97)年就任以來的最低點。
最慘的是不信任的比例大增，這是馬英九自去年執政以來，民眾信任比率最低、不信任比率最高的一次，更是馬英九從政以來聲望最低、形象最差的一次。民調中心認為，不信任與信任比率逆轉之後，要修補的困難度，可說是非常高。
遠見也針對行政院長及各部會首長進行滿意度調查，民眾對劉揆的滿意度只有18.8％，只有上一次調查的一半，不滿意度飆高到65.4％，較前一次調查上升20.5個百分點。
至於民眾對各部會首長的滿意度，只有16.7％，下降14.5個百分點，不滿意度63.2％，增加13.9個百分點，不論是行政院長還是各部會首長的滿意度，滿意的比率皆達去年就任以來的新低，不滿意比率也都達到新高點，原因當然就是對風災的救災評價所致。
雖然民眾對內閣不滿意，但是被問到行政院長劉兆玄的去留問題時，看法卻出現分歧，42.8％的受訪者認為，有必要因為這次重大災情更換閣揆，但是有39.6％卻認為沒必要，顯示民眾對這項議題的看法分歧。
但跟去年7月的調查比較，這次認為有必要更換閣揆的比率，增加了21.3個百分點，增幅達1倍之多，顯然民眾對於劉兆玄這一年來的表現，並不滿意，加上各界對這次政府救災的態度及效率，表現了極度的不滿，民眾希望有高官下台以示負責。
至於民眾期待的改進事項，受訪者認為執政團隊需要加強的治國能力，依序是：危機處理與快速反應的能力、促進經濟發展的能力、政策說明的溝通能力、處理油電價及物價的能力、打擊貪污追查弊案的能力、爭取外交與國際空間的能力、處理兩岸事務的能力。這是內閣改組時，民眾希望看到的團隊新組合。
