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隨著兩岸的氛圍轉好，雙邊交通往來日益便利，尤其在對岸祭出優沃的條件之下，有不少學生開始考慮進入大陸的一流大學深造。根據最新的調查顯示，即使目前台灣尚未承認大陸學歷，但已有超過兩成的台灣民眾表示，不排除選擇對岸的學校就讀，這隱含著台灣人才流失的危機。
根據《天下雜誌》與蕃薯藤天空針對全台民眾所做的調查，其中問及「大陸開放台灣高中畢業生申請大學，若可選兩岸知名度差不多的大學，你會選擇？」已有逾兩成(21.28%)的受訪者，會考慮選擇大陸的學校。
這顯示過去在台灣念大學再出國唸研究所的學習路徑，受到中國及香港的高教大門大開的影響，讓求學的抉擇提前至20歲、18歲、甚至更早。
而《天下雜誌》的另一項資料顯示，1985到2000年的15年間，大陸的台灣學生僅3,759位，但2000後的7年間，已超過1.1萬位，且有一半以上攻讀中醫藥科系。
從資料也可以看出，即使兩岸之間因複雜的政治因素，阻礙教育交流的正常化，但台灣赴大陸求學的學生，並沒有因此受到影響，反而大幅增加。
過去二十年，台灣學生到大陸就學，必須經過大陸高校系統外的「僑港澳台」招生管道。而今(2009)年7月，中國承認台灣學測，大陸高校可直接採用來錄取台灣學生。中國大陸對於優秀人才的積極度，也讓越來越多學子將赴大陸求學列為考慮方案。
前建中校長、東莞台商中學部校長吳武雄分析，中國大陸的「搶人」策略，讓台灣第一線教育者都很緊張，這將造成台灣的菁英人才流失，衝擊很大。像是一些台灣進不了台成清交的學生，可能就會轉向考慮浙大、南京等對岸等不錯的大學。
不過，面對台灣優秀人才流失的問題，國內不少大學也有相應對的解決方案。像是台成清交等台灣前段的大學，就計劃在政策鬆綁後，立即開啟與大陸大學的雙聯或三聯學位。像是台大唸兩年，再到北大、東京大學的三聯學位。
此外，新竹交大與上海交大兩所交通大學則是想要打造華人的貝爾實驗室，成立共同的實驗室平台。兩所交大正計劃，進行研究前瞻技術、互派教授與研究，未來也有可能共同分享專利，甚至開發產品。像是為兩岸電信業者做技術研發與產業鍊的整合，創造華人無線通訊的4G規格。
