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受到莫拉克風災的影響，曾文水庫及南化水庫嚴重淤積，加上正值枯水期，又沒像樣的降雨，導致南部地區供水拉警報。經濟部將興建高屏大湖列為首選，而且還把原本的5個湖區縮小面積成2個湖區，要將反對聲浪減到最小，縮小版的高屏大湖預估可以增加2800萬噸的蓄水，等於是一座小水庫。
規畫中的高屏大湖是平地水庫，其實在3年前早就通過環境影響評估，只是預算還卡在立法院沒過，在興建美濃水庫爭議過大的前提下，要解決南部用水問題，高屏大湖幾乎成了經濟部最有可能採取的方案。
根據水利署新提出的高屏大湖計畫，是把原訂開挖的5個湖區，縮小成只開挖2個湖區，並且挖出的土石不出售，就先堆置在沒有開挖的3個湖區地點，如此一來，高屏大湖的面積雖然縮小，但對南部地區仍可增加2,800萬噸的蓄水空間，等於是增加了還1個小型的水庫。
對於水利署的構想，經濟部長施顏祥表示認同，並指出，水利署準備把高屏大湖的規模縮小，是希望能爭取到地方的認同與支持，環評方面就只要再做個環差分析就可以處理了。南部供水吃緊，如果只靠水庫清淤，長期而言還是無法解決根本問題，所以水利署提的高屏大湖縮小版，是可以進一步跟社會溝通。
水利署同時表示，目前正加速辦理河川、野溪以及水庫淤積疏濬的工作，截至1月3日為止，累計執行量為1,378.5萬立方公尺，進度超前19.1％，後續將以滾動式檢討，繼續疏濬。災後復建工程244件中，已發包的有81件，針對急要河段，會在99年汛期前優先完成急要95件的復建工程。
此外，經濟部研擬提出「穩定南部供水特別條例」送行政院審查，計畫編列500億特別預算，強化集水區保育、水庫清淤及設施更新改善，確保曾文水庫、烏山頭水庫，以及南化水庫的永續利用，穩定南部地區的供水。
至於被指為是莫拉克風災中，造成小林村滅村元兇的曾文水庫越域引水，以及遭到環保團體反對的美濃水庫是否繼續動，水利署表示，還需要審慎檢討評估。
