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財政部統計98年全年稅收，受到全球金融海嘯的影響，全國賦稅收入實徵淨額1兆5189億，全年預算數達成率只有85.1％，創下民國90年新會計年度以來最低，短徵金額高達2,652億，也是史上最大的短徵數，其中中央政府短徵2,231億，創歷史新高。
受到金融海嘯衝擊，98年的稅收狀況不佳，但隨著景氣下半年起逐漸好轉，部分的稅收已有改善。財政部指出，貨物稅5月以來的稅收，每個月都超過100億，下半年貨物稅較上半年增加83億，成長13.9％；營業稅下半年較上半年增加190億，成長19.3％；下半年土增稅較上半年增加82，增幅更達36.7％。
只有所得稅收入沒有改善，主要是因為98年的所得稅收，反映的是97年的個人或企業所得狀況，從美國次貸風暴開始到金融海嘯，衝擊企業營運獲利及個人所得收入，營利事業所得稅及個人所得稅的收人都是大減。
98年全年營所稅收入3,326億，預算數達成率是82.1％，較97年大減1,127億，衰退幅度達25.3％，全球金融海嘯打得企業獲利大縮減。98年綜所稅收入3,064億，預算數達成率77.6％，較97年減少833億，減幅21.4％。
分析綜所稅收入減少原因有二，一是全球景氣衰退，二是「所得稅法」調整課稅級距及扣除額影響，結算報自繳稅款減少87億、退稅增加114億、扣繳稅款減少619億所致，扣繳稅款中以盈餘分配所得減少305億、薪資所得減少186億，以及利息所得減少63億元等最多。
稅收收入較上年增加的有證交稅及貨物稅。證交稅收入1,057億，預算數達成率雖然只有86.6％，但較97年增加150億，增幅達16.6％。貨物稅則是在下半年趕進度，貨物稅實徵淨額從6月開始到12月，已連續7個月超過100億。
12月車輛類貨物稅37億，較上年同月增加69％，主要是因為2000c.c.以下新車減免貨物稅只到98年12月底，因為期限快到了，消費者搶購汽車所致，12月新車掛牌數44,977輛，是近來的新高。98年貨物稅實徵淨額1,277億，較上年同期小增0.8％。
