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高度爭議的「產業創新條例」本會期宣告闖關失敗，在立法院這個會期結束前倒數第2天決定：下個會期再審。而闖關失敗的原因，就是民進黨揚言，如果國民黨硬要表決產創條例，民進黨就會採取最激烈的杯葛手段，最後達成的共識是下個會期再審。經濟部跟財政部雙雙發布新聞稿，企圖消毒外界「產創條例是圖利財團」的批評。
經濟部工業局對於產創條例無法在這個會期完成三讀，表達遺憾。工業局指出，產創條例在去(98)年4月就已經送到立法院，而且6月的經濟委員會初審通過，也通過朝野協商，本來都談好了沒問題的，沒想到12月22日有人要求重新協商，因為對每個條文都有意見。
由於促產條例在98年落日，經濟部接著就推產創條例，因此產創條例被認為是促產條例的借屍還魂，讓企業能再大享租稅減免的優惠。工業局澄清，兩條例不同之處很多，認為批評產創條例的人是不了解產創條例的內容所致。
工業局進一步解釋，過去台灣的產業多是代工，造成人才不足，產創條例就是在解決人才缺乏的問題，透過租稅補貼以獎勵企業培養人才，可以讓國內的企業有能力和國際企業競爭，企業要先能賺錢，勞工才有加薪的機會，所以產創條例非圖利財團的法案。
雖然財政部對於產創條例沒通過，並沒有使用到「遺憾」這樣的字眼，但也是發布新聞稿、積極辯護。財政部表示，促產條例的租稅減免在98年底就期滿，賦改會也決議全面取消產業別及地區別的租稅優惠，僅保留了「研究發展」、「人才培訓」、「營運總部」，以及「國際物流配銷中心」等4項功能性租稅獎勵，是為了營造輕稅簡政、且具有國際競爭力的租稅環境。
財政部指出，如果產創條例能三讀通過，財政部與經濟部將審慎研擬適用的要件，讓適用優惠條件的營運總部，確實能夠帶動我國經濟成長，提升國家競爭力及兼顧財政健全。
