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所得稅法規定，夫妻須合併申報，但如果在年度中離婚的夫妻，該要怎麼報稅呢？國稅局提醒，協議離婚的夫妻要向戶政機關完成離婚登記，綜所稅才能各自申報，否則還是視為婚姻存續中，要合併申報。
台北市國稅局指出，夫妻在年度中協議離婚者，如果未向戶政機關辦理離婚登記，表示離婚並未生效，所以還是得合併申報當年度綜合所得稅。如果未依法合併申報，除了補徵所稅額之外，還要依照所得稅法規定，按所漏稅額處2倍以下罰鍰。
根據民法規定，兩願離婚應以書面為之，有2人以上證人之簽名，並應向戶政機關為離婚登記。因此，國稅局以辦理離婚登記為兩願離婚生效要件之一，離婚生效日是自登記日起算，只有離婚生效，個人綜合所得稅才可以個別申報。
舉例而言，民國98年協議離婚並且向戶政機關完成離婚登記，則民國99年申報98年度綜所稅時，就可以各自恢復單身申報；如果是98年協議離婚，但卻未向戶政機關完成離婚登記，則視為婚姻關係持續中，因此99年申報98年度綜所稅時，夫妻就必須合併申報。
不過，實際情況可能是兩願協議離婚，卻因為沒空，或是剛好協議離婚接近年底，而無法趕在民國98年結束之前完成登記，但現在兩人要合併申報有困難，或是不願意找對方合併申報時，還有一個解決辦法，就是98年度綜所稅各自申報，但是在配偶欄中還是填寫對方的姓名及身分證統一編號，並且註明已分居，這樣可免夫妻因分開申報而受罰。
國稅局提醒，不同的離婚方式，生效日期有不同的算法，如果是兩願協議離婚的夫妻，離婚生效日是以向戶政機關完成登記之日起算；但如果是法院裁判離婚，則是判決確定時間為離婚效力發生的期日。
