許多民眾仰賴高鐵往返各地，快速又方便。不過，消基會接獲消費者反應，使用非約定銀行金融卡購買高鐵票，須支付17元手續費，反觀台北捷運站自動加值機，若以他行金融卡加值卻只收6元，實在是差很大；對此，高鐵表示，相關手續費收取方式是依照財金公司的規定，該公司只是配合處理。
消基會日前接獲民眾消費者投訴，指稱用金融卡在高鐵車站自動售票機購票，竟被收取17元手續費。消基會訪查後發現，高鐵的售票機、自動提款機等，主要由兆豐、台北富邦、台新等銀行收單，若使用3家金融卡購票，不會產生額外費用，但若用他行金融卡，就需負擔跨行轉帳手續費。
不過，消基會質疑，以台北捷運車站的悠遊卡自動加值機為對照，其在自動加值機上標示告知，使用非國泰世華金融卡加值者，依金融機構規定酌收跨行手續費6元，既然如此，為何高鐵卻要收17元手續費？
消基會指出，向財金公司詢問後，對方解釋「跨行提領手續費」一般約定為6元，而「跨行轉帳手續費」則收17元，兩者是不同的業務，因為前者只涉及三方，高鐵牽扯四方，才會產生手續費的差異。
此外，消基會認為，高鐵可讓本身的開戶銀行和自動售票機的合作銀行為同一家銀行，屬於技術上可以克服的問題，就可減收手續費。否則，在賣票這麼基本的事情上面，還輸給台北捷運及百年老店台鐵，實在說不過去。
對此，台灣高鐵回應，台北捷運規定自動加值應以百元為單位，因此用金融卡加值時一定是整數，屬於「提款」行為，所以手續費才會是6元；而高鐵車票多為非整數結尾，會有個位數的差額，無法直接扣除，必須進行跨行轉帳，因此費用才會收取17元。
台灣高鐵強調，17元的「跨行轉帳手續費」，是根據金管會和財金公司規定辦理，該公司僅遵照規定楚哩，本身並沒有多收取其他費用，若主管機關願意調降，才將會配合處理。
