繼完成第一批綜所稅退稅作業後，98年度第二批退稅，也於十月底陸續匯入各納稅人帳戶。國稅局表示，此批退稅對象為今(99)年5月11日以後，辦妥申報的人工或二維條碼案件，以及5月10日前向非戶籍所在地稽徵機關申報的案件，符合上述情形的民眾，近來要特別注意。
如果並非採帳戶退稅的案件，同樣會在十月底開始，進行寄發退稅憑單的作業，由於兌領期限僅到今年年底，因此收到的民眾最好儘速兌領。
國稅局解釋，退稅憑單金額在5,000元以下，可以自行攜帶退稅憑單、國民身分證及私章到指定金融機構兌領，但如果退稅憑單金額在5,000元以上，則需要把憑單拿到銀行後，再以票據交換方式兌領。
據統計，全國第二批退稅件數總共有78萬件，退稅金額為158億元，其中屬於南區轄區內退稅件數則為12萬件，金額佔19億元。
國稅局提醒，絕不會以電話通知民眾到自動櫃員機轉帳退稅，如果接到自稱局內人員以電話或簡訊，告知有退稅款要到提款機依指示操作領取，一定是詐騙集團的技倆，除應立即向國稅局查證外，也可利用「反詐騙諮詢專線165」電話洽詢，以免上當受騙。
另外，配合電子化政府這項長程目標，從明(100)年開始，包括遺產稅、贈與稅、證交稅、期交稅、貨物稅、菸酒稅，以及公益財團法人的結算申報，都可一併利用網路進行申報。
國稅局表示，像是證交稅、期交稅，使用網路申報繳納，會比現在列印報稅條碼更便利。而透過網路系統，又能直接從帳戶進行扣帳繳稅，納稅人完全不需要出門。
至於遺產稅和贈與稅兩項稅目，因為還存有核定問題，所以現階段尚未有新的突破，民眾仍需按傳統方式申報。
