悠遊聯名卡可以使用的地方，是越來越多，也越來越方便。但仍招致不少民眾的質疑及抱怨，像是停車場自動加值每日僅限一次，照樣會卡門。而以悠遊錢包付款時，交易速度緩慢，也讓民眾感到不方便。
最近，才開放使用的停車場自動加值服務，因為有每日僅限一次的規定，部分民眾就認為不足以應付實際需要，卡門的情況還是會發生。
台北智慧卡公司表示，限制自動加值次數，是以安全為優先考量。當民眾遺失卡片時，才能有足夠的時間停卡，避免被一再盜用。
智慧卡公司進一步回應，事前已做過市場調查，結果顯示自動加值五百元後，仍不足支付費用的狀況，實屬少見，因此才會決定每日限制自動加值一次。民眾如果在停車場，發生自動加值後，卡內餘額仍不足支付時，可以在停車場裡利用加值機人工加值，或是由管理員人工加值。
另外，也有民眾反應悠遊電子錢包付款時，交易速度慢，還有超商店員表示不會使用，甚至宣稱是系統壞掉，讓民眾感到相當不便利。
全家便利商店表示，由於不清楚現場的狀況，無法直接回應，如果民眾有碰到類似的情況，可以直接向全家申訴，全家將會儘速改善問題。
福客多也做出說明，坦承僅在剛啟用的前幾個禮拜，曾發生人員不熟悉使用方式的問題，現已完成教育訓練，不會再發生類似狀況。
至於，收單的台新銀行則表示，最近沒有聽說系統壞掉的任何回報，可能是無法連線的誤傳。而導致無法連線的原因，不排除操作人員不熟悉使用方式，或者是其他線路問題。
台新銀行解釋，連線速度快慢，純屬個人主觀的認定，根據內部統計資料顯示，平均每筆交易時間僅需四秒鐘。如果因為發生上述無法交易的狀況，而導致必須重新交易，或是沒有與顧客充分溝通，才會讓消費者產生交易時間過久的誤解。
雖然，發卡銀行努力推卡，智慧卡公司積極拓展使用據點，但實際發卡量距離目標數字，卻仍有一段距離，或許除了基層人員要多加訓練外，更有許多地方需要再加強改善，才能讓民眾更樂於使用悠遊聯名卡。
