合作金庫與農民銀行的合併，是國內第一樁「官官相併」的案例，頗受社會大眾矚目與關切。只是越接近合併時間，雙方卻傳出越多相互不滿的傳聞，甚至傳出員工要發動抗爭，以及合併案將要延期的說法。所幸過程中雖然相互有所抱怨，但雙方最後仍以大局著眼，因此5月1日的合併案確定不會延期。
過程中雙方疑慮
合庫對於農民銀行的不滿，主要是人事上的升遷。因為就在合併的前夕，農民銀合不但辦理行員升遷，而且人數比往年還來得多，導致合庫員工反彈，直指這是農銀大規模的不當手段，而且將來在合併之後，更會造成『將多兵少』的情況出現。
農民銀行方面，則是對於在系統整合方面有所疑慮。由於合併之後的金融卡及信用卡系統，將依合庫的作業模式來進行，農民銀行員工擔心這樣將導致系統及人力，都將出現不堪負荷的情況出現。
各退一步 合併照舊
對於人事升遷問題，農民銀行澄清表示，農銀一年只辦一次升遷，今年之所以給人覺得是辦理兩次的原因，在於分了兩個時間發佈的原因，因而引發了外界的誤解。
合庫方面則是慎重表示，從沒有接到任何要延期的命令。而對於合併過程中各種相互不滿的傳聞，則是風輕雲淡的表示，合併的過程都是這樣，只要雙方持續溝通，並且依既定的工作進度來進行，就不會有太大的問題。
合庫：民眾權益不變
由於兩家銀行在合併之後，將會以合作金庫的名義呈現，因此合庫方面也對農民銀行的客戶喊話表示，合庫將會誠心的服務所有的農銀原有客戶，他們原本的所有權益，都不會有所減少，請民眾安心。
