經濟部所屬國營事業中，台電是唯一虧損的事業單位。根據經濟部國營會的統計，96年六家國營事業，只有台電一家虧損，台電稅前虧損312.43億，較法定預算減少虧損20.55億；賺最多錢的是中油，盈餘154.26億，但較法定預算減少盈餘26.45億元。
國營會表示，台電虧損的原因很簡單，就是發電成本太高，但政策不准調漲電價，因此才會出現虧損，台電在96年的預算已經編列虧損，結果虧損金額少於編列的預算。國營會指出，油、天然氣、煤這些燃料價格都漲，發電成本墊高，但配合政策電價不調漲，台電只好虧損。
不過，台電的營運虧損並不影響到台電員工的績效獎金及考績獎金，因為電價不能漲是配合政策，並非台電經營得不好，所以台電員工還是可以領到績效獎金及考績獎金。
至於中油，因為實施浮動油價機制，因此先前國際原油飆漲時，中油也跟著調漲國內油品價格，但後因累積漲幅逼近12％，因此行政院宣布油價凍漲，時間是在12月，因此中油在12月虧損60億，但96年全年，中油仍有稅前盈餘154.26億，較法定預算減少盈餘26.45億，國營會也認為，這是配合政府穩定國內物價政策，凍結浮動油價機制所致。
至於其他表現亮眼的國營事業，則是台糖，96年稅前盈餘高達72.73億，高出法定預算盈餘63.54億之多，亦即台糖96年賺的錢，是法定預算的8.8倍。台糖法定盈餘大增，應該是與台糖善於土地資源活化有關。
另外，台水公司稅前盈餘2.8億，原本法定預算是虧損，但結果卻是轉虧為盈；台船公司稅前盈餘是24.51億，較法定預算增加盈餘0.31億；漢翔公司稅前盈餘是1.23億，較法定預算減少盈餘2.05億。
國營會指出，台船盈餘較法定增加是因為經濟部推動台船公司的再生改造計畫，改善經營體質及提升績效，台船96年度的稅前盈餘24.51億，是實施再生計畫後的最佳成績，且造船訂單已經排到2012年，簽約貨櫃船訂單及總貨櫃量，全球第4。至於漢翔盈餘未達標準，是因為工業技術服務類及航空器維修類毛利減少所致。
