96年度個人綜所稅申報中，每名納稅義務人都有的免稅額、扣除額部分，雖然都沒有調整，但退職金定額免稅額則有提高，而公債、公司債、金融債券的利息所得，改採分離課稅，不適用27萬的儲蓄投資特別扣除。
所謂退職金，是指個人領取退休金、資譴費、退職金、離職金、終身俸及非屬保險給付之養老金等所得，均屬退職所得，對於96年度綜所稅申報的退職所得定額免稅，已因應物價上漲依法提高免稅額度，約為3個百分點。
退職金領取有2種方式，一為一次領取，另外分期領取，兩者計算免稅額度不同。一次領取金額，如果是在「16萬1千元×退職服務年資」金額以下者，所得稅額為0；超過「16萬1千元×退職服務年資」金額，未達「32萬2千元×退職服務年資」金額部分，以其半數為所得額；超過「32萬2千元×退職年服務年資」金額部分，全數列為所得額。至於分期領取退職所得者，96年度以全年領取金額，減去69萬7千元後的餘額，作為所得額。
國稅局舉例說明，某公司有甲君與乙君2名員工在96年度退休，兩人服務年資都是25年，甲君選擇一次領取退職所得300萬，乙君一次領取退職所得820萬。經計算後，甲君退職所得為0，因為甲君所一次領取的300萬，低於甲君的免稅額度402萬5千元【16.1萬×25=402.5萬元】，所以免列入96年度綜所稅申報。至於乙君一次領取退職所得820萬，須列入綜所稅所得額是216萬2500元。【〔(322000-161000)×25〕÷2＋(8200000-322000×25)】
此外，該公司應依退職所得扣繳率6％，辦理乙君的退職所得扣繳及扣繳憑單申報，並將扣繳憑單發給乙君做為申報綜所稅之用，但甲君則因為退職所得為0，所以免開立扣繳憑單。
至於個人持有公債、公司債、金融債券的利息所得，96年度是首度改為分離課稅，不併計綜所稅所得總額中，不必填報，也不能列舉在儲職投資特別扣除額中，已扣繳的稅款，也不得抵繳應納稅額或申報退稅。
