消費券有沒有正當使用，也將成為國稅局查稅的重點。高雄市國稅局表示，營業人以消費券向金融機構兌領款項時，必須在消費券背面寫明商家相關資料，金融機構會依營業人統一編號，彙總兌換消費券金額，並由台銀負責總結之後，送到資料中心歸戶，而國稅局就依據此稽查，兌領消費券與申報銷售額是否有不符情形。
國稅局表示，營業人必須在消費券的背面，據實載明營利事業名稱、營利事業統一編號、負責人姓名，這3個部分可以「統一發票專用章替代」，同時也要註明銷售貨物或勞務的時間，以及匯入金融機構的帳號，並填報兌領資料彙總表。
至於國稅局會怎麼查？國稅局會根據資料中心提供的總歸戶金額，查兌營業人申報的銷售金額，如果差距太多，就會成為國稅局選案查核的對象。例如，申報銷售金額為500萬，但兌領的消費券金額竟高達1000萬，顯然不合理，國稅局就會加以調查，一方面有漏報銷售額的可能，二方面可能是協助違法使用消費券，這些依法都必須處罰。
依據消費券發放特別條例規定，每個人所領的3千6消費券，用於購買貨物、勞務，或是捐贈，而且，只有已辦理營利事業登記的公司行號，才能收受消費券，沒有辦理營利事業登記的攤販、個人計程車，或是農漁民等，如果接收受受消費券，不能直接跟金融機構兌領，而必須透過再消費，例如購買原料，加油等方式，把消費券使用掉。
國稅局表示，消費券不得找零、轉售、兌換現金、商品禮券、現金禮券，或以電子、磁力、光學等形式儲存金錢價值使用，被查獲違法使用的話，稅捐稽徵機關應按消費券面額處以1倍至3倍的罰鍰；同時，營業人收受消費券，也要開立統一發票，因為消費券等同現金，如果被查獲以消費者持消費券消費為由，而漏開統一發票，除了要追繳稅款之外，依加值型及非加值型營業稅法規定，按所漏稅額處1至10倍罰緩。
