自從爆發H1N1新型流感疫情後，對於處在國際旅客流通第一線的航空公司，包括國泰航空、中華航空無不嚴陣以待，緊急制定應變措施以確保疫情的防範。
目前在世界各地不斷有H1N1新型流感病例發生，世界衛生組織宣布流感警戒級別為五級，屬於強列信號，代表全球大流行迫在眉睫。世衛雖然不建議全面限制旅行，但也表示身體不適的人，應暫時取消跨國旅遊。
而國泰航空也在今(5)日發布相關應變措施，包括成立「新型流感專責小組」，就疫情進行定期會議，匯報全球最新的發展消息。
此外，國泰航空也制定了指引程序，教導前線員工在遇到懷疑受感染的乘客時所應進行的程序，以保障員工的安全。而職員當值前，應在家中測量體溫，確認身體情況良好。並在航機上增加口罩的存量，以備不時之需。
在機艙的衛生維護上，國泰指出將嚴格執行機艙、座位、空廚及廁所的清潔及消毒程序，以保持高度的衛生水準。機艙內採用的高效微粒子空氣過濾系統，能有效過濾超過99.999%的塵埃微粒及污染物，確保機艙空氣品質。
中華航空同樣成立防疫小組，華航表示，所有航班都會廣播衛生署最新訊息，提醒旅客留意H1N1新流感疫情，並配合主管當局對入境旅客應有要求，例如抵台旅客需要填寫健康申報表。
華航全球各站服務人員在旅客登機前會主動說明提醒，若發現有旅客不適或發燒情形將建議就醫，待症狀消失、旅客提出適航證明後始得登機。另外在各航班起降前後，會嚴格執行客艙、座椅、廚房、洗手間及空服用品等環境清潔及消毒。
華航也指出，客艙循環系統使用的微粒過濾器，可過濾0.3microons(百萬分之一米)的微粒，這種過濾器與醫院或晶圓工廠的「無菌室」等級類似，旅客可不用擔心機艙內的空氣品質。
