莫拉克重創台灣，不止災民的家園受到影響，許多企業也深受其害。重要資料泡水，詳細的營業數據無法立即核對，造成報稅上的困難。南區國稅局公佈配套方案，簡化營業稅報備程序，以體恤受災企業在申報上的不便。
日前為了讓受災民眾能安心處理災後重建，南區國稅局公佈凡轄區內((含嘉義縣、嘉義市、台南縣、台南市、高雄縣、屏東縣、台東縣及澎湖縣)營業人，98年8月之營業稅可延緩一個月，放寬繳款期限，以紓緩民困。
另一方面，針對因受颱風影響，造成統一發票等憑證帳冊泡水或滅失，無法如實申報98年7、8月銷售額的公司行號，國稅局規定需事先報備採估計方式，申報當期(月)之營業稅。
受災企業在申報上，也有更簡單的作法。國稅局表示，為了體恤因莫拉克颱風影響，導致無法申報確切營業稅額的公司行號，現在除事先報備估計金額外，也可於申報時在申報書上註明「帳證淹水或毀損預估申報」，將會視同報備。報備之後，國稅局如發現有漏報的情事，營業人只需要補稅，可以免除刑罰。
國稅局指出，颱風過後，災民忙碌於重建家園，勞費心力，還得東奔西走去處理大小事情，非常辛苦。因此縮短行政作業，以體貼災民，讓營業人在申報營業稅時，只要直接在申請書上註明相關帳冊已經泡水毀損，就視同已經報備，這將能簡化受災戶的行政程序。
只要事先報備或註記憑證，受災公司行號就不須再擔心，是否會產生逃漏稅的嫌疑。國稅局再次叮嚀，不管採取何種方式，都要記得申報，並註明自己是受災戶，才不會之後被控以刑責。
