98年稅收嚴重短徵，國庫也成了金融海嘯的受災戶，初估98年全年決算差短約1,648億元。也就是說，中華民國中央政府98年度的赤字高達1,648億元，不僅結束連續三年的無赤字紀錄，也創下5年來最大金額的赤字，預估99年也好不到哪裡去，99年的赤字一樣超過1千6百億。
財政部國庫署指出，97年開始全球金融海嘯，造成國內經濟受到嚴重的波及，景氣急轉直下；到了98年，海嘯影響持續，使得我國營利事業獲利普遍下滑、應稅貨物消費減少、投資、進出口，以及購買力都明顯衰退，加上莫拉克颱風造成的災害，影響稅收徵起數約1,718億新台幣。
除了天災及國際因素造成稅收減少之外，還有減稅也讓稅收減少。財政部指出，為了提振景氣、刺激買氣、增加投資意願及購買力、平抑物價，財政部修法減稅，影響數約438億，所以98年整體稅課收入就短徵了2,156億元。
對於中央政府1,648億的赤字，財政部認為沒有很嚴重，一切算得上是控制得宜。財政部指出，中央政府歷年經常收支均有賸餘，顯示總預算赤字只是用於資本門支出，資本門支出不是花掉就沒了，是用於國家建設，可以厚植經濟實力。
以97年度受金融海嘯衝擊影響，預算執行尚有賸餘232億，原編債務舉債是970億元，由於稅收超收、歲出節減，以及國庫調度，並未執行；而98年度還在金融海嘯波及範圍內，赤字1,648億，也低於91年度的2,473億、92年度的2,972億、93年度的1,966億。
財政部把整個97年度及98年度，都算成是受金融海嘯衝擊的年度，但實際上，雷曼兄弟宣布倒閉，也就是97年9月，才算是金融海嘯的開始，而98年第2季開始，主計處也說已經走出景氣谷底，而財政部對於現在的赤字比SARS時的赤字少，已經感到很滿意。
